ثمره ازدواجش ابوالفضل بود
در دوران سربازي و در تاريخ 9 آذر 1361 به عضويت رسمي سپاه پاسداران انقلاب اسلامي قائمشهر درآمد و پس از طي دورهي مربيگري به عنوان مربي آموزش سپاه قائمشهر مشغول به كار شد. در اواخر آذر 1361 با خواهر همرزمش كمال الدين رضايي ازدواج كرد. باقر زاده از 20 ارديبهشت 1362 تا 30 مرداد 1362 آموزش فرماندهي گردان را در پادگان امام حسين(ع) تهران طي كرد. در 26 شهريور 1362 اولين فرزند او به نام ابوالفضل متولد شد.
از فرماندهی گروهان تا جانشینی گردان حمزه
از 22 آبان 1362 تا 23 خرداد 1363 به عنوان فرمانده گروهاني از گردان يا رسول الله(ص) از لشكر 25 كربلا در جبهه حضور يافت. بيشتر اوقات فراغت خود را تا زمانيكه بار ديگر به جبهه اعزام شود به مردم محروم در انجام امور كشاورزي و ساختماني كمک ميكرد و در عمران و آبادي محله اش(سیدمحله) فعالانه ميكوشيد. باقرزاده از 24 خرداد تا 19 دي 1363 به عنوان مربي آموزشي درپايگاه بسيج قائمشهر انجام وظيفه كرد.
سپس بار ديگر به عنوان جانشين گردان حمزه سيدالشهدا لشكر 25 كربلا از تاريخ 20 دي 1363 تا 15مهر 1364 در جبهه حضور يافت. در مدت حضور در جبهه دوبار از ناحيهي سر مجروح شد و يك بار دچار موج گرفتگي شد.