حضرت عقلانیت و دین را با یکدیگر گره زدند. از ایشان پیرامون عقل سؤال شد و حضرت فرمودند :ماالعقل؟ قال : ما عُبِدَ به الرحمن و اکتُسِبَ به الجنان (عقل چیست ؟ - آنچه که بواسطه آن خداوند رحمان شناخته می شود و گواهی به بندگی و عبادت او داده می شود و آنچه باعث تحرک انسان در رسیدن به بهشت و آخرتی نیکو ، می شود.) ( همان،ص 11)
همچنین در سؤال و جواب هایی که با امام پیرامون بعضی اشخاص می شد. امام از عقل آنها می پرسیدند. و ملاک و میزان ثواب و بهرۀ دینی فرد در روز واپسین را ، عقل و عقلانیت می شمردند. اما مراد از حاکمیت عقل و عقلانیت در حوزه علمی امام (ع) چیست ؟مراد از عقلانیت ، گره زدن و اثبات گزاره های اعتقادی و دینی بر پایۀ تفکر انسانی و عقلی است. بعضی ها از این حرکت حضرت به عنوان یک ابتکار در فرهنگ های مذهبی یاد کرده اند. (ر.ک> مغز متفکر شیعه،1388،ص116)
یکی از دلایل رونق حوزه درس امام (ع) و خضوع مخالفان و ملحدان در مقابل امام و کرسی درس ایشان ، همین استفاده از عقلانیت و بکارگیری آن در مباحث اعتقادی وکلامی بوده است. ( ر.ک > اظهارات زنادقه : 3-7-3)به جرأت می شود گفت که سایر دلایل و مؤلفه های ممتاز حوزه علمی امام - چون آزادی بیان، رعایت آداب و احترام، شاگردپروری ، کتابت و ... - متأثر از عقلانیت حاکم در سیره علمی امام و حوزه علمیه ایشان بوده است.