عارف سالك، عالم ربّانی، حكیم فرزانه، مجتهد عادل، فقیه نامدار، حضرت آیت الله شیخ محمّد بهاری در خانوادهای اصیل و مذهبی چشم به جهان گشود. او فرزند میرزا محمّد بهاری، از ستارگان تابناك آسمان علم و عرفان است. بهاری در سال 1265 هـ . ق. در شهر بهار از توابع همدان متولد شد.
حاج میرزا محمّد بهاری كه مردی وارسته بود، دارای 3 پسر به نامهای: صادق، فرّخ و محمّد و یك دختر به نام خانم بود. همسر وی، زنی با ایمان بود. حاج میرزا محمد كاسب بود و وضعیت مالی نسبتاً خوبی داشت. از قراین و شواهد پیداست كه او از راه خرید و فروش و كشاورزی، امرار معاش میكرد.
اخلاق و كرامات شیخ محمد بهاری
اسرار الهی در دل تابناك بهاری موج میزد. آن بزرگوار از حیث اخلاق، متواضع، مؤدب و در حفظ آداب معاشرت و سعه صدر، سعیی بلیغ مینمود. بهاری در اخلاق، حسن رفتار، حلم، بردباری و خوشخلقی از بین شاگردان مرحوم آخوند، زبانزد و نمونه و بارز بود. او در نجف، شیوه تربیتی استادش را ادامه داد. بسیاری از عالمان و تاجران ایرانی، عرب و هندی شیوه سلوك و خودسازی را از او طلب میكردند وی نیز با كمال گشادهرویی و مهر و محبت، شفاهی یا كتبی آنان را هدایت و ارشاد مینمود و بدین ترتیب مكتب آخوند را استمرار و تداوم میبخشید.
میرزا جواد آقا ملكی تبریزی كه از بزرگان اهل معرفت زمان خویش بود، درباره استاد خویش، آخوند همدانی مینویسد:
در یك برخورد اعجاب انگیز، مرحوم آخوند یك فرد منحرف را دگرگون میساخت. گویند: آقایی آمد نزد مرحوم آخوند و ایشان او را توبه دادند. در عرض 48 ساعت بعد، وقتی كه آن مرد آمد به گونهای متحوّل شده بود كه باورمان نمیشد كه این همان آدم چند ساعت پیش باشد.