مرحوم كلينى در كتاب شريف خود به نقل از امام صادق عليه السلام آورده است ، كه آن حضرت حكايت نمود:
در آن روزهائى كه پدرم حضرت امام محمّد باقر عليه السلام مريض احوال و در بستر بود، روزى مرا به نزد خويش فرا خواند و اظهار داشت :
اى پسرم ! عدّه اى از مردم قريش را دعوت نما تا امروز در اين جا گرد هم حضور يابند و من ضمن توصيه هائى ، آن ها را بر مطالبى شاهد و گواه قرار دهم .
بنابر اين ، طبق دستور پدرم ، چند نفر از قريش را دعوت كردم و ايشان را به منزل آوردم ، همين كه همگى به محضر پدرم آمده و در كنار بسترش گرد آمديم ، به من خطاب نمود و فرمود:
اى جعفر! هنگامى كه من وفات يافتم و از اين دنيا رحلت كردم ، خودت مرا غسل مى دهى و كفن مى كنى و سپس بر من نماز مى خوانى .
و پس از آن كه مرا به خاك سپردى ، قبر مرا بيش از چهار انگشت (حدود 10 سانتيمتر) از زمين بلندتر مگردان ؛ و در پايان نيز مقدارى آب روى خاكهاى قبرم بپاش .
حضرت صادق آل محمّد عليهم السلام افزود: چون وصايا و سفارشات پدرم پايان يافت و جمعيّت از منزل خارج شدند، به پدرم گفتم : اى پدرجان ! نيازى به حضور اين افراد نبود و چنانچه مرا به تنهائى وصيّت مى فرمودى به آن عمل مى كردم .
پدرم در پاسخ اظهار نمود: خواستم آن افراد را شاهد و گواه قرار دهم تا بعد از من درباره امامت تو منازعه و مشاجره اى نداشته باشند.(كافى : ج 3، ص 166، بحارالا نوار: ج 46، ص 214، ح 9.)
همچنين آن حضرت حكايت فرمايد:
پدرم حضرت باقرالعلوم عليه السلام به من وصيّت نمود تا جسد مطهّرش را در سه نوع پارچه بپوشانم و كفن كنم ، يكى از آن ها، رداء و پارچه اى بود كه پدرم روزهاى جمعه آن را روى دوش خود مى انداخت و در آن نماز مى خواند؛ و امّا دو پارچه ديگرى را پدرم آنها را معرّفى نمود.(بحارالا نوار: ج 46، ص 220، ح 24، تهذيب شيخ طوسى : ج 1، ص 293، كافى : ج 3، ص 144.)
و نيز حكايت فرمايد:
در آن شب آخرى كه پدرم سلام اللّه عليه ، به شهادت رسيد و به درجات أ على علّيين عروج نمود، لحظاتى قبل از رحلتش نزديك وى رفتم ، ديدم مشغول مناجات و راز و نياز به درگاه خداوند متعال مى باشد؛ و چون مناجات و زمزمه اش پايان يافت به من فرمود:
اى فرزندم ! امشب وعده الهى فرا مى رسد و من لحظاتى ديگر به سوى او خواهم رفت ، و امشب همان شبى است كه جدّم ، رسول خدا صلى الله عليه و آله رحلت نمود.(بصائرالدّرجات : جزء 10، باب 9، ح 7، بحارالا نوار: ج 46، ص 213، ح 6.)
مرحوم إ ربلى و ابن شهرآشوب و ديگر بزرگان و مورّخين گفته اند:
امام محمّد باقر عليه السلام در اثر زهر و سمّى كه ابراهيم بن وليد به دستور هشام بن عبدالملك ملعون به آن حضرت خورانيده بود، به شهادت رسيد.
و پس از انجام غسل و كفن و اقامه نماز بر جنازه مطهّرش ، توسّط فرزندش امام جعفر صادق عليه السلام ، در قبرستان بقيع ، در جوار مرقد شريف عمويش ، امام حسن مجتبى و پدرش ، امام زين العابدين عليهم االسلام ، به خاك سپرده شد.(بحارالا نوار: ج 46، ص 216، ح 15 - 19، به نقل از مناقب ابن شهر آشوب : ج 3، ص 340، مصباح كفعمى : ص 521، كشف الغمّة : ج 2، ص 322.)