از آثار ارزنده وى رساله المقنع است در موضوع غيبت .
اين اثر، با وجود حجم اندك از جمله متقن ترين متون است .
ارزش كتاب ، زمانى بيشتر هويدا مى شود كه مى بينيم بزرگانى چون :
شيخ طوسى ، فرازهايى از متن كتاب و در برخى موارد، خلاصه اى از مطالب را در كتاب الغيبة خويش آورده است .
امين الاسلام طبرسى در فصلهاى گوناگون كتاب اعلام الورى باءعلام الهدى ، گاه عين عبارتها و گاه مضمون مطالب را آورده است .
اهتمام بزرگان به اين اثر، نمايانگر حسن تاءليف و اتقان و اتقان و استوارى ديدگاهها و ارزش فوق العاده و برتر آن است .
سيد مرتضى ، درباره سبب نگارش اين رساله مى نويسد:
در مجلس وزير السيد، سخن از غيبت امام عصر(عج ) به ميان آمد و اين امر مرا بر آن داشت ، در اين باب اثر كوتاهى بنگارم .
صاحب الذريعة از قول استادش محدث نورى ، نقل مى كند:
سيد مرتضى ، اين كتاب را براى وزير مغربى ، ابوالحسين بن على بن هارون بن عبدالعزيز الاراجتى نوشته است .(((الذريعة ))، ج 2/123.)
از اشاره هايى كه سيد در الشافى فى الامامة و تنزيه الانبياء، و الائمه دارد، بر مى آيد كه المنقع پس از آن دو اثر نگاشته شده است .
اين اثر، به گفته اهل تحقيق ، به جز در اين اواخر كه در مجله تراثنا، چاپ شده ، تاكنون به صورت مستقل چاپ نشده است .