در بخش دوم کتاب با بحث نبوت و شبهات مربوط به نبوت آشنا میشویم که پس از مطرح شدن دلایل لزوم نبوت و اهداف آن از دیدگاه قرآن کریم، به شبهات عصمت پیامبران و آیه «ظلمت نفس»، علم غیب مختص و غیرمختص با دو رویکرد علم غیب ذاتی و نامحدود و علم غیب اکتسابی و محدود پاسخ داده شده است. همچنین بخش سوم کتاب درباره قرآن و شبهات مربوط به این حوزه پرداخته است و بخش چهارم، امامت و خلافت و شبهات مربوط به آن را بررسی میکند که بیان حدیث یوم الدار، حدیث منزلت، حدیث سفینه، حدیث امان امت و حدیث ثقلین در این بخش مطرح شده و نویسنده اثر 28 شبهه در حوزه امامت و خلافت پاسخ داده است. آیه تطهیر یا مدال افتخار خاندان رسالت، آیا آیه «انما یرید الله» در حق همسران پیامبر است، آیا مقصود از اهل البیت همسران پیامبر است، در حدیث ثقلین «عترتی» صحیح است یا «سنتی»، سرگذشت غدیر یا کمال دین، سرگذشت سقیفه در آیینه تاریخ، پیروی پیامبر از وحی در مسأله جانشینی و چرا امامت علی در عرفات اعلام نشد از شبهات مطرح شده در این بخش است.